Hombre, creo entender que tienes una ciudad que en un solo cuadro grande tienes una masa de agua en el medio. A un lado la industria y al otro las casas y comercios. Comprendo que son zonas puras de cada cosa. En especial la zona industrial, que imagino que será industria y nada más que industria.
El puerto sirve para el transporte de mercancías, es decir enviarlas al exterior. Si la masa de agua tiene continuidad en otra parcela, pon el puerto en la zona industrial, en la residencial y comercial no tendría uso ya que estos puertos que yo sepa son para mercancías.
Otra cosa es la gente que vaya a trabajar a dicha industria. Existe (con la expansión, ojo) un sistema bastante económico (aunque lento) de transporte de pasajeros entre masas marinas, el ferry. Hay para camiones y para personas. Es decir, ferry con capacidad para coches y sin capacidad para coches. El de capacidad de camiones creo que permite que se transporten mercancías.
Por ejemplo, pon una estación de ferry de pasajeros a cada lado y conéctalo con carreteras. La gente usará el ferry para ir a trabajar, y creo que te dan dinero. Además, te evitas un puente que puede ser desmesuradamente largo (y caro, además de afear a mi gusto la estética de la ciudad. Además, estos ferries pueden ir a otras ciudades, yendo la gente a trabajar a otros sitios. Muy útil cuando tienes dos ciudades (un cuadrito cada uno) y un río en medio y claro, no deja hacer puente.
Y si quieres puente, pues varias opciones:
-Carretera, avenida u autopista, con o sin peaje (para el peaje hace falta la expansión). Yo pondría peaje, es que el costo del puente hay que recuperarlo
-Tren: puedes matar dos pájaros de un tiro. Con estación de pasajeros en ambos lados la gente irá a trabajar en tren, y ganarás pasta. Y si pones de mercancías en la zona industrial y una conexión vecina, las mercancías serán transportadas y creo que aumenta la demanda de industria.
Saludos
Enrique