Bueno, te explico... Lo que tú has visto en el nam y en otras descargas no es el cleanitol en sí, sino un archivo para el cleanitol, que es un programa.
Cuando descargas cosas (sobre todo de simtro) hay dependencias, esas dependencias a su vez pueden tener otras dependencias... etc. Pero, como muchas veces los equipos de diseño hacen packs, es posible que te descargues un pack donde está 'tal archivo' y por otra parte, también te hayas bajado 'tal archivo' en sí (u otro pack que lo contenga). El cleanitol (programa) lee los archivos cleanitol (que en realidad son txt normales y corrientes) en los que estará bien el nombre de 'tal archivo' o de packs antiguos que lo contengan, los busca en tu carpeta plugins y los quita. De esta forma, te evitas tener archivos repetidos. Además, muchas veces también te avisa si te falta alguna dependencia diciéndote cual es... Me he liado un poco, pero espero hamerte ayudado