He seguido investigando y mantengo que la razón de que tus recolors se vean pixelados es que has usado imágenes muy pequeñas. He probado a hacer un recolor yo misma vía Bodyshop y, aunque efectivamente el formato usado es .bmp, las imágenes de textura que salían eran de un tamaño de 1024x1024. Es decir, inmensamente más grandes que las tuyas. Si respetas el tamaño de 1024x1024 cuando recolorees las texturas, no se verán pixeladas.
Por otro lado, recuerda que son dos los archivos que han de llevar la textura recoloreada para que se vea bien en el juego (todos menos los archivos "alpha"). He hecho un recolor rojo yo misma como ejemplo. En el juego se ve así:

He subido
aquí su carpeta de "Projects" (llamada "cruzado_rojo") con todas las imágenes tal y como deben ir para importarlas al juego correctamente y hacer un recolor que se vea bien. El recolor también va dentro por si lo quieres, aunque recuerda que igualmente necesitarás el mesh original para que funcione. También he incluido los archivos .psd que he usado para crear el recolor en Photoshop. He pensado que tal vez quisieras usarlos como guía para hacer los tuyos.
