Trataré de responder tus preguntas:
1. Los almacenes se compran o en tu imperio o en otros (no todos), pero para ello necesitas unas medallas concretas (míralo en "mis colecciones", abajo a la izquierda).
2. Sí, las fábricas sólo funcionan cuando están al lado de una casa/ayuntamiento. Tienes que ver una línea que sale y vincula las dos.
3. El arma automática es genial, se me olvidó mencionarla

te ayuda muchísimo contra varios enemigos. Eso sí, en ocasiones es prudente desactivarla (por ejemplo, para evitar iniciar guerras con imperios en naranja).
4. Cógete las dos cosas, aunque si eres pacifista la vida no te será tan útil como la energía.
5. Pues para evitar la guerra, acércate al planeta (desactiva el bláster automático, que sólo empeorará las cosas

), habla con el individuo en cuestión, y dile "¡espera! quizás podamos solucionar esto con algo de dinero" o algo por el estilo. Le das BASTANTE PASTA (depende de lo mal que le caigas y lo avanzado que estés, y de la dificultad), y algo mejorará la relación.
6. En otro tema del foro se explica bien, tienes que mirar en el minimapa de terraformación el estado del planeta. Verás un puntito en unos círculos concéntricos; cada círculo es un nivel de terraformación (el del centro es T3). Si está muy a la izquierda es muy frío, si está muy hacia abajo tiene poca atmósfera, y viceversa. Usa herramientas para mover el punto hacia el centro, y pon plantas rápidamente (1 pequeña, 1 mediana y 1 grande) para estabilizarlo. Luego añade criaturas (dos herbívoras y una carnívora/omnívora) y podrás poner otra ciudad

.
7. Los que son muy matones y te amenazan son guerreros, zelotes o caballeros. Los zelotes hablan de Spode, y los guerreros de que son muy poderosos. Además, si pulsas en "diplomacia" y "háblame de vuestra filosofía", los guerreros te dirán que siguen la filosofía de la Fuerza.